突然襲向全世界的一個前所未有的大災難「第二次衝擊」。這災害令接近半數人類死亡，世界各地亦留下了大破壞的痕跡。正當人們以為終於回復和平日子的時候──14歲的少年碇真嗣被父親召來第3新東京市。
當他正等待迎接時，眼前的山間突然出現一隻巨型生物！這是被稱為「使徒」的神秘存在，它正與國連軍展開激烈交戰。受到爆風波及，陷入危機的真嗣。把他救出的是一位名為葛城美里的女性。
乘坐美里的車來到特務機關NERV總部，真嗣和他父親相隔十年終於再見。然而，真嗣卻被父親碇源堂帶往參觀秘密開發的巨大人型兵器，更被迫與使徒對抗。這就是真嗣與人造人Evangelion初號機的相遇。
雖然真嗣採取反抗態度，但當他看到女性駕駛員綾波麗的傷勢後，終於否定了逃避念頭，決意出擊。在未受任何訓練之下，首次與使徒對峙的EVA初號機和真嗣。
被託付了全世界命運的14歲少年真嗣，到底會怎樣戰鬥？還有隱藏在第二次衝擊背後的「人類補完計劃」的真相又是甚麼？
掌握著所有謎團的碇源堂，只是靜靜地注視著苦戰的真嗣…

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