江戶時代末期（本作的20多年前），被稱為「天人」的謎之外星人來襲，人類與天人之間的戰爭瞬即爆發，為數眾多的武士和攘夷派志士均參與戰鬥。幕府見識到天人強大的實力後，立刻低頭，放棄武士不管，並與天人簽訂不平等條約，准許他們入國。之後「廢刀令」頒發，使武士們已經忘記怎樣去貫徹自己的武士道。自此，幕府為天人所控制，形成「傀儡政權」，造成權利的腐敗，幫派和惡徒也因而肆意猖狂。

在這樣的時代，一個仍舊保留著武士之魂的男人坂田銀時與同伴志村新八、神樂經營著萬事屋（什麼工作都接），愉快地過著異想天開的生活。在《銀魂》的大江戶世界中，除了可以見到江戶時代的和服、留著月代髮髻的男性、梳著島田髷的女性、木造的長屋，以及武士、劍客、忍者等時代劇所特有的風景外，還同時也出現摩天大樓、電視、電腦、汽車、手機等現代科技，以及外星人、太空船與人造人等未來世界才存在的科幻要素。