星曆4088年，由於人類犯錯而引起星系危機，人類喪失了大多數的行星；人類只能居住在宇宙殖民地，唯一殘留下來的行星「ZION」是人類最後的希望，但是ZION遭受神秘生物「威克提姆」的侵略。為了對抗威克提姆的侵略，人類製造了巨大人型武器「英格利德」來保護ZION。五架英格利德被尊稱為「女神」，只有具備「特殊能力」（簡稱「EX」）者才能成為女神的駕駛員。為了培養女神駕駛員，人類在宇宙中建造了養成機構「G.O.A.」。

星曆5030年，傑洛·苑名從偏遠的殖民地前往G.O.A.，成為候補生。當天正是五架女神及其駕駛員齊聚G.O.A.的日子。在G.O.A.中迷路的傑洛來到機庫，看見了女神伊娃·莉娜。在正常情形下，女神們的配備與維修都只能配合各自的專屬駕駛員，不是專屬駕駛員的人無法搭乘女神；但不知何故，伊娃·莉娜竟然認同初次見面的傑洛為其駕駛員，將傑洛吸進駕駛艙內開始「連接」。在「連接」過程中痛苦不堪的傑洛，在朦朧的意識中聽見了伊娃·莉娜的聲音……