正在讀初中三年級的女生——日暮戈薇是一名家住在神社的普通女孩子。15歲生日那天，被妖怪─百足妖婦拖入神社的枯井中，來到了500年前的日本戰國時代，並與已被封印的半妖——犬夜叉相遇。犬夜叉自稱是為得到四魂之玉以成為真正的妖怪，實際上並非完全如此。來到戰國時代的戈薇被誤認為已逝世的巫女桔梗，而後因其靈力、相貌及體內的四魂之玉而令眾人認為是桔梗的轉世。由於戈薇喚醒了犬夜叉及不小心將四魂之玉用箭射碎，並散至各地。為了收集四魂之玉碎片，犬夜叉與戈薇踏上了旅途，而與犬夜叉以及後來出現的小七寶、法師彌勒和退治師珊瑚一同搜集四魂之玉。而且各人都是向着同樣是收集四魂之玉的妖怪－奈落為目標進發。