「我對普通的人類沒有興趣，你們只要是有外星人、未來人、異世界人、超能力者，就儘管來找我吧！以上。」

才剛開學，涼宮春日的自我介紹就如此勁爆。又不是科幻小說，哪會有那種東西啊……，大家都這麼想，不過我也有過涼宮那樣的想法。但涼宮其實是個非常認真的人，觀察她也成了我的習慣。沒想到就在我覺得日子過得太平淡時，週遭突然發生了大變化。」 本作的男主角，因為座位在涼宮春日前面，而「不幸」被捲入了涼宮春日在校內組成了一個奇怪團體--SOS團，脫離常軌的校園故事堂堂揭幕囉！